Am 17. Februar 1944 wurde sie während der Operation Hailstone mit Bomben und Torpedos angegriffen. Das Schiff wurde mittschiffs von einem Torpedo getroffen, geriet in Brand und sank am folgenden Tag. Ein großer Teil der Besatzung kam bei dem Angriff ums Leben.
Das Wrack liegt etwa 500 Meter von der Küste entfernt in einer Tiefe von maximal 40 Metern; die Brücke, hinter der der Torpedo einschlug, befindet sich etwa 15 Meter unter der Wasseroberfläche. An Deck ist seit 1994 eine Gedenktafel angebracht, die an die Versenkung erinnert. Kanonen und weitere Geschütze sind noch zu erkennen. Die Laderäume, in denen sich neben Flugzeugteilen und Waffen auch Laternen, Sake- und Bierflaschen befinden, sind ein beliebtes Ziel für Wracktaucher. Eine Besonderheit für ein Transportschiff stellt die Badewanne dar, die in einem der zu den Kajüten gehörigen Bäder angebracht war.Das Wrack der Fujikawa Maru gilt unter Wracktauchern als eines der lohnendsten Ziele in seiner Region und sogar auf der ganzen Welt.